Die 1938 flüchtenden Jüdinnen und Juden waren für ihre tagtäglichen Bedürfnisse, die Unterstützung bei Behörden und vor allem die Auswanderung zunehmend von Hilfsorganisationen abhängig. In der Tschechoslowakei der 1930er Jahren sorgten private, entlang konfessionellen oder politischen Linien gegründete Komitees für die Flüchtlinge, die kaum staatliche Unterstützung erhielten. Nur nach dem Münchener Abkommen im September 1938 eröffnete das Sozialministerium ein Institut für Flüchtlingsfürsorge (Ústav pro péči o uprchlíky), das sich vor allem um ethnisch tschechische Flüchtlinge kümmerte. Dementsprechend schwierig war die soziale Lage der Flüchtlinge in der Tschechoslowakei, sofern sie nicht durch Familienangehörige versorgt wurden.

Jüdische Flüchtlinge waren vor allem von den Diensten der jüdischen Hilfsorganisationen, wie dem jüdischen Sozialinstitut in Prag sowie von der Unterstützung der lokalen israelitischen Kultusgemeinden abhängig. In Brünn - wahrscheinlich in der Tradition der Flüchtlingshilfe aus dem Ersten Weltkrieg - wurde 1938, an der Liga für Menschenrechte eine zentrale Hilfsstelle errichtet, in der jüdische Fürsorge und verschiedene Logen zusammenarbeiteten.¹ Die lokalen Initiativen waren  in die transnationalen jüdischen und nichtjüdischen Hilfsnetzwerke eingebettet. Die jüdischen Gemeinden und andere Hilfsstellen waren bald von den Bedürfnissen überfordert und ihre finanziellen Mittel reichten trotz Unterstützung des JOINT nicht aus. Die jüdische HICEM bot Hilfe bei der Organisation der Auswanderung an, die aber zur Zeit der Konferenz von Évian immer schwieriger wurde. 

Trotz der materiellen Schwierigkeiten galt die größte Sorge 1938 dem Grenzübertritt und dem legalen Erhalt einer Aufenthaltsgenehmigung in dem zunehmend intoleranten Aufnahmestaat. Oft gaben die Behörden den Flüchtlingen eine kurze Frist zur Ausreise, die kaum einzuhalten war. So protestierte in Juli 1938 die Brünner Hilfsstelle gegen die Ausweisung einer Anzahl jüdischer Flüchtlinge durch die Brünner Polizei. Solche Proteste sowie auch die Appelle der tschechoslowakischen wie auch der ausländischen Organisationen für die am Schleppkahn gestrandeten burgenländischen Jüdinnen und Juden blieben jedoch üblicherweise ohne Erfolg.

In dieser Situation sahen auch jüdische Hilfsorganisationen Flüchtlingslager als eine vorübergehende Lösung der sonst ausweglosen Situation. So plante z. B. das Sozialinstitut der jüdischen Kultusgemeinden von Groß-Prag die Unterstellung von 700 Flüchtlingen ins Lager in Svatobořice in Südmähren. Dieses von der tschechoslowakischen Regierung ab 1937 geplante und umgebaute Lager galt ursprünglich als Ersatz für die gescheiterte Konzentrierung der deutschen Flüchtlinge an der Böhmisch-Mährischen Höhen. Das Lager Svatobořice wurde jedoch erst kurz vor dem Münchner Abkommen eröffnet und beherbergte daher hauptsächlich Flüchtlinge aus den an NS-Deutschland annektierten tschechoslowakischen Grenzgebieten.

Viele österreichische Flüchtlinge wurden später, nach dem Münchner Abkommen oder nach der Besetzung der Böhmischen Länder durch NS-Deutschland, in einem Lager in Eibenschütz (Ivančice) interniert. Das Lager Eibenschütz lag direkt hinter der neuen tschechoslowakisch-deutschen Grenze in Südmähren und wurde durch die Brünner jüdische Gemeinde in einer verlassenen Lederfabrik errichtet, um Unterkunft für Flüchtlinge aus dem Niemandsland an der Demarkationslinie zu finden. Später fanden jedoch zahlreiche staatenlose und andere Flüchtlinge Zuflucht an diesem Ort, von wo aus sie mithilfe der jüdischen Organisationen versuchten auszuwandern. Die verbliebenen Flüchtlinge wurden später in die Ghettos und Vernichtungslager deportiert.